Чтобы изменить способ нумерации – нужно его “сбросить”. Это делается командой (на языке 1С):
ОбновитьНумерациюОбъектов(<Метаданные>)
Пример для документа СчетФактураВыданные:
ОбновитьНумерациюОбъектов(Метаданные.Документы.СчетФактураВыданные);
Пример для справочника номенклатуры:
ОбновитьНумерациюОбъектов(Метаданные.Справочники.Номенклатура);
После сброса нумерации нужно создать новый документ или элемент справочника с таким номером чтобы после него пошла нужная нумерация. После этого все пойдет как надо.